Samen met het Instituut voor Interdisciplinaire Studies (IIS) is Amsterdam University Press al jarenlang uitgever van de reeks Perspectives on Interdisciplinarity, een interdisciplinaire educatieve reeks voor studenten en docenten. Het IIS is het expertisecentrum van de UvA op het gebied van interdisciplinair leren en doceren.

Daarnaast heeft AUP diverse publicaties met een duidelijk interdisciplinaire insteek.